Confessione e Presbiterio: su commissione del card. Quirini, l’architetto Filippo Barigioni (1690-1753) ne ha curato il rifacimento (sec. XVIII).
Urna di granito contenente il corpo di San Marco papa e dei Santi Abdon e Sennen, attribuita al Barigioni.

Abside: grande mosaico del tempo di Gregorio IV (828-844).

Arco trionfale: Cristo Benedicente tra i santi Pietro e Paolo e i simboli degli Evangelisti.
Catino absidale: Cristo benedicente, con a sinistra i santi Felicissimo, Marco evangelista che presenta Gregorio IV con il modello della basilica; a destra i santi Marco papa, Agapito, Agnese, Al di sotto l’Agnello, i quattro fiumi, i dodici agnelli.